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■公開（アップロード）フォルダの設定
公開（アップロード）フォルダの設定で空欄なのですが、フォルダ名を指定すればそのフォルダが参照されるのでしょうか？
はい、公開（アップロード）フォルダの設定でフォルダ名を指定すると、そのフォルダがWebサイトの公開フォルダとして参照されます。独自ドメインやサブドメインにアクセスした際に、指定した公開フォルダ内のデータが表示されるようになります。フォルダ名を空欄にした場合は、お客様のロリポップ！アドレス（例：http://hogemoge.lolipop.jp/）直下のファイルが参照されます。
即反映されるのでしょうか？
公開（アップロード）フォルダの設定を変更した後、その変更が即時に反映されるかどうかは、サーバーの状況により若干の時間がかかる場合があります。通常は設定後すぐに反映されることが多いですが、場合によってはサーバー側での処理に時間が必要な場合があります。設定変更後、しばらくしてからサイトにアクセスして確認してみてください。
ルートディレクトリに最初からあるファイルは？
初期状態でルートディレクトリに存在するファイルには、『welcome.html』というファイルがあります。このファイルは、サーバーの初期設定を確認するために用意されているもので、必要がなければ削除していただいても問題ありません。